Очистка водоемов проводится чаще всего механическим способом. Первым делом всю жидкость откачивают, потом механическим путем болотными экскаваторами или драглайнами удаляют осадки, ил и мусор, находящиеся на дне. Весь донный мусор и отложения подлежат утилизации. На последнем этапе на дно застилают специальную водопроводную глину (может быть использован гравий или песок). После этого проводят наполнение водоема.

Проблема в том, что такой метод невозможно использовать для очистки всех водоемов, так как откачку воды невозможно осуществить с озер, которое питают подземные воды или с озер очень большого размера. Тогда работы производят гидромеханизированным способом

В некоторых видах требующих точных работ задействуют водолазов и гидромониторы.